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晶體日記(十六):APEX4 -從“數(shù)據(jù)庫”里尋找答案

更新時(shí)間:2024-08-21點(diǎn)擊次數(shù):580

晶體學(xué)有時(shí)會讓人覺得很神奇,透過一個(gè)晶體,我們可以看到微觀的結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)。但是晶體在肉眼下就只是晶體,沒有X射線我們就只能看著它,可能對它無從下手。而且晶體結(jié)構(gòu)解析需要有一些已知的信息,不然我們就沒有辦法知道這里面會有什么。

讓人失望的晶體

做晶體實(shí)驗(yàn)總是會遇到一些意想不到的情況,晶體的生長并不會按照我們的意愿進(jìn)行。偶爾欣喜若狂地看到的晶體興許只是一些雜質(zhì),或者只是鹽罷了。如果你是做蛋白晶體的,你一定會十分沮喪,心情一定是180°的轉(zhuǎn)彎。記得讀書時(shí)發(fā)生過無數(shù)次這樣的情況,然而一般看到是鹽晶,也就到此為止,不會再去深究到底是什么鹽。但是現(xiàn)在,我一定會想到這個(gè)鹽到底是什么,究竟是什么樣的結(jié)構(gòu),不然會糾結(jié)在那(也不知道自己是進(jìn)化了,還是退化了)。然而這個(gè)可能是在沒有任何信息的條件下去找它的可能性。

我們經(jīng)常看到利用粉末XRD的圖譜,去做物相檢索,從而知道我們測試的物相的信息。其實(shí)單晶也是一樣。單晶也有龐大的數(shù)據(jù)庫。雖然我們做的晶體,大部分都是新設(shè)計(jì)的充滿未知的晶體,但是偶爾也會遇到無從下手的情況。那么在遇到未知信息的晶體時(shí),數(shù)據(jù)庫檢索可能會讓你結(jié)果的糾結(jié)變得釋然。

日前做實(shí)驗(yàn),在顯微鏡下挑一顆非常小的晶體。眼睛都快花了,終于挑上了一顆。然而看到衍射圖,著實(shí)就有些郁悶了。這根本不可能是目標(biāo)的結(jié)構(gòu)。每張衍射圖上寥寥的幾個(gè)點(diǎn),預(yù)示著這個(gè)是很小很小的晶胞。好吧,我承認(rèn)我失望了。

▲圖1  讓人失望的晶體

深挖

好吧,既然如此。那么我起碼也需要知道這個(gè)東西會是什么。不然浪費(fèi)了我挑晶體專注的眼睛。那么如果不知道元素,我們通常會輸入CHON。此時(shí)我們得到的結(jié)構(gòu)是這樣的:

 

▲圖2 Structure?

這個(gè)樣的結(jié)構(gòu)明顯是個(gè)四面體的排列。然而這仍然沒有解決我的問題。我們可以去猜大致的元素,S O? Al O? 但是大概率下這個(gè)應(yīng)該是個(gè)已知的物質(zhì)。為什么不在數(shù)據(jù)庫里進(jìn)行檢索一下呢?興許,這是個(gè)常見的東西。很快在APEX4- Determine Unit Cell的Search功能里,在COD數(shù)據(jù)庫里看到了檢索的結(jié)果。原來這是一個(gè)二氧化硅SiO2,也就是石英,興許是做實(shí)驗(yàn)時(shí)磨碎的沙粒?….

▲圖3 APEX4的數(shù)據(jù)庫檢索

雙擊相應(yīng)的結(jié)果,我們可以連接到COD的網(wǎng)站上,看到詳細(xì)的信息。雖然有些意外,但是在COD數(shù)據(jù)里檢索,卻發(fā)現(xiàn)SiO2有如此多的晶型,而且大部分是手性的,也算是增加了一點(diǎn)知識。所以結(jié)果的結(jié)構(gòu)解析就會變得簡單直接。原來SiO2可以連接成這么漂亮的結(jié)構(gòu)框架。

▲圖4 正確解析的結(jié)果

APEX4-如何檢索

APEX4目前的檢索分為四個(gè)數(shù)據(jù)庫:

1, 本地的APEX4的數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)庫,

2,CSD數(shù)據(jù)庫;

3,COD數(shù)據(jù)庫,

4,以及本地的CIF/RES文件數(shù)據(jù)庫。

這里需要額外安裝的是CSD Database。當(dāng)然這個(gè)不是大家所用的包含結(jié)構(gòu)的“CCDC"軟件,而是CCDC網(wǎng)站上的數(shù)據(jù)安裝包 CellCheckCSD。

安裝好之后,APEX4會自動(dòng)識別安裝狀態(tài),打開檢索CSD數(shù)據(jù)的功能。雖然單晶衍射做的大部分是未知的結(jié)構(gòu),但是從已知的數(shù)據(jù)庫里檢索依舊可以幫助我們少走一些彎路。

 

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